Rail Balticu projekti elluviimise eeldatavad kulud on kasvanud rohkem kui neli korda. Uue tasuvusanalüüsi kavandi kohaselt on Rail Balticu projekti arendamise hinnanguline maksumus alates 2017. aastast kasvanud 5,8 miljardilt 23,8 miljardi euroni 2023. aastal (vt joonis 1).
Joonis 1. Kulude kasv, miljardites eurodes
Allikas: kõrgeimate auditiasutuste andmed 2017. aasta tasuvusanalüüsi ja uue tasuvusanalüüsi mustandi põhjal
See on suurendanud riski seoses õigeaegse rahastamise tagamisega ja mitte ainult seetõttu, et hinnangulised kulud on suurenenud, vaid ka sellepärast, et praegune Euroopa Liidu rahastamisperiood lõpeb 2027. aastal. Kuna järgmine rahastamisperiood algab 2028. aastal, tekib tõenäoliselt ajavahemikul 2027–2028 rahastamislünk. Lisaks pole kindel, et Euroopa Ühendamise Rahastuga – projekti peamise rahastamisvahendiga – jätkatakse eelseisval rahastamisperioodil, ega teada, mis võiks olla selle eelarve või kaasrahastamise määr. Võttes arvesse iga riigi uusi projektieelarveid ja juba eraldatud raha, on Eestis vaja projekti lõpetamiseks lisaraha 2,7 miljardit, Lätis 7,6 miljardit ja Leedus 8,7 miljardit eurot.
Euroopa Liidu määruses sätestatud projektitähtajast – 2030 – kinnipidamiseks ja suurenenud kulude haldamiseks on Eesti, Läti ja Leedu otsustanud viia Rail Balticu projekti ellu kahes osas. Projekti esimene etapp peaks valmima esialgsest tähtajast, mille kohaselt pidi raudtee valmima 2025. aasta lõpuks, vähemalt viis aastat hiljem ehk aastal 2030. Rail Balticu projekti esimene etapp viiakse ellu vähendatud ulatuses, näiteks ehitatakse kohalikud peatused hiljem või ulatuses, mis tagab minimaalse funktsionaalsuse, rajatakse osaliselt kahe asemel ainult üks rööpapaar jne. See aitab ka vähendada aastani 2030 hinnangulisi kulusid Eestis 4 miljardilt eurolt 3,1 miljardini, Lätis 9,6 miljardilt 6,4 miljardini ja Leedus 10,2 miljardilt 5,4 miljardi euroni. See tähendab ka, et kogu projekti elluviimiseks vajalik lisarahastuse summa väheneb 10,1 miljardini: Eesti osas 1,8, Läti osas 4,4 ning Leedu osas 3,9 miljardi euroni. Projekti elluviimise teine etapp toimub pärast seda, kui rongid on hakanud raudteel sõitma, mis on kavandatud 2031. aastaks. Praegu puudub teise etapi ajakava.
RB Rail ASi ja riiklike rakendusasutuste kogu projekti tasemel riskijuhtimine vajab edasiarendamist. 2019. aasta ühisauditi käigus tuvastati, et kuigi riskid olid kindlaks tehtud, hinnatud ja prioriseeritud, oli kogu projekti siduva riskijuhtimissüsteemi väljatöötamine alles pooleli. Samuti tuvastati 2019. aasta auditi käigus, et kogu projekti tasandil puudusid mehhanismid muutuste haldamiseks. Eespool nimetatud puudused on endiselt olemas, kuigi RB Rail AS on hiljuti välja töötanud uued riskide ja muudatuste juhtimise protsessid olukorra lahendamiseks. Siinsest ülevaatest nähtub, et RB Rail ASi ja riiklike rakendusasutuste riskide ja muudatuste juhtimine ei ole alates 2019. aastast märkimisväärselt paranenud, olgugi et tõhus riskide ja muudatuste juhtimise süsteem aitaks hoida kulude kasvu kontrolli all ja võtta vajaduse korral kiiresti parandusmeetmeid. Samuti avastati, et valitsused ja parlamendid ei olnud alati võimalikest probleemidest teadlikud.
Ainus otsus, mille kolm Balti riiki on taristu haldamise kohta teinud, on see, et igas riigis saab olema eraldi sõltumatu haldusasutus. Lätis on aga ikka veel ainult ajutine taristu haldusasutus. Kuigi RB Rail AS ja riiklikud rakendusasutused on välja töötanud plaani, kuidas aastaks 2030 saavutada käitamisvalmidus, puudub mehhanism, mille abil saaks sundida vastutavaid ministeeriume otsuseid kiiremini tegema. Näiteks tehti kindlaks, et ministeeriumid ei olnud otsustanud rongide soetamise mudeli ega selle eest vastutava üksuse üle. Kui otsust ei tehta peatselt, võib juhtuda, et rongid ei saa 2030/2031. aastal raudteel sõita. Lisaks ei sisaldu projekti eelarves rongide soetamise ning raudtee hooldamise ja käitamise kulud ning neid ei saa rahastada Euroopa Liidu vahenditest.