Teadusuuringute rahastamiseks kasutati eri mooduseid sõltuvalt sellest kas tegu oli oma haldusala teadusasutusega või muu teadusasutusega. Oma haldusala teadusasutustele anti raha halduskorras, teistelt teadusasutustelt tellis ministeerium teadusuuringuid lepingu alusel sarnaselt mistahes teenuste ja kaupadega. Viimased pidid maksma rakendusuuringuks saadavalt summalt käibemaksu, mis vähendas teadusteema täitmiseks jäänud raha.
Raha saamiseks pidid ministeeriumi välised teadusasutused 2003. aastal osalema avalikul konkursil, ministeeriumi teadusasutused said raha konkursiväliselt. Esimestele seati piiranguid raha kasutamise osas (nt katseseadmete soetamise keeld), mida ministeeriumi teadusasutustel polnud.
Rakendusuuringute rahastamisel Põllumajandusministeeriumi ette kerkinud probleemid olid põhjustatud muuhulgas asjaolust, et teadus- ja arendustegevuse korralduse seaduses puuduvad nõuded riiklike teadusprogrammide koostamise ning nende täitmiseks avalike konkursside korraldamise kohta. Ministeerium tegeles teadusprogrammi väljatöötamisega, kuid ei suutnud seda kaitsta Teadus- ja Arendusnõukogus, mistõttu programm jäi Vabariigi Valitsuse poolt kinnitamata.
Haridus- ja Teadusministeerium loodab olukorra parandada 2004. aastal. Haridus- ja teadusminister märkis, et teadus- ja arendustegevuse riiklike programmide kontseptsioonide väljatöötamine on lülitatud ministeeriumi järgmise aasta tööplaani. Pärast teadus- ja arendustegevuse finantseerimise arendamise ja täiustamise arengukava ülevaatamist on ministeeriumi teatel plaanis esitada ka teadus- ja arendustegevuse korralduse seaduse ettepanekud, mis määravad kindlaks reeglid teadusprogrammide koostamiseks ja konkursside korraldamiseks.
2002. aastal rahastas Põllumajandusministeerium rakendusuuringuid kokku 12 141 468 krooni eest, 2003 aastal on eraldatud 16 481 160 krooni.
