Rakendatud on eelmise auditi ettepanek piletihindade kohta. Kui eelmise auditi ajal polnud minister piletihindu kehtestanud ega selleks ka ühtegi ametiasutust volitanud, siis nüüd on piletihindade kehtestamise õigus Raudteeametil ning AS Elektriraudtee rongipiletite tegelikud hinnad vastavad täielikult Raudteeameti nõudmistele.
Samuti on lähtudes Riigikontrolli soovitusest pikendatud 8 aastalt 10 aastani veeremi kasutuskõlblikku iga, mis aitab kaasa kulude vähendamisele.
Vaatamata ellu viidud ettepanekutele tõdes Riigikontroll teist korda süsteemseid puudusi, mis võivad oluliselt kahjustada maksumaksja huve. Ei arengukavad ega ühistranspordiseadus ei määratle, milline on minimaalne veoteenuse tase, mida maksumaksja oma raha eest saab. Selle puudumine tähendab, et minister ja vedaja võivad kokku leppida mis tahes nõuetes. Praegu ongi riigi ning AS Elektriraudtee vahel sõlmitud lepingus toetuse maksmise alusena kirjas vaid rongkilomeeter, mis ei pane vedajat huvituma teenuse kvaliteedi parandamisest ega ole seotud reisija kui teenuse tarbijaga.
Teine oluline puudus on see, et kuigi ühistranspordiseadus määrab toetuse piiriks 70% veokulust, ei ole avatud veokulu mõistet ja see võimaldab ettevõttel saada riigilt raha kõikide ettevõtluskulude katmiseks.
Majandus- ja kommunikatsiooniministri vastuse järgi peaks olukorda parandama 2003. aasta lõpuks valmiv ühistranspordi arengukava, samuti on ministri arvates vajalik piiritleda veokulu mõiste seaduses ja käsitleda veokulusid üksikasjalikult AS Elektriraudteega sõlmitavas lepingus.