Riigikontroll auditeeris kolme kasvatusraskustega õpilaste erikooli tulemuslikkust, vaadeldes, kas erikoolid täidavad neile pandud kasvatuslikke ülesandeid edukalt. Eeldused tulemuslikuks tööks lastega on pea olematud juba seetõttu, et erikooli suunamist otsustavad alaealiste komisjonid ei tunne sisulist huvi alaealise käekäigu vastu erikoolis ning ei hinda erikooli kui mõjutusvahendi tulemuslikkust. Alaealine suunatakse erikooli kindlaks tähtajaks, sidumata seda kuidagi tema tegeliku käitumisega ja arenguga antud asutuses. Ka võtab suunamine ise oma bürokraatlikkuses pahatihti liialt aega, mistõttu alaealine võib korda saata veelgi õigusrikkumisi.
Et Eestis ongi vaid kolm kasvatusraskustega õpilaste erikooli - Kaagvere tüdrukutele, Tapa vene keelt kõnelevatele poistele ja Puiatu eesti keelt kõnelevatele poistele -, tingib see nende suhteliselt suure õpilaste arvu ning individuaalse töö puudulikkuse. Alternatiivide puudumisel saadetakse erikooli väga erineva vanuse ja taustaga alaealised, mistõttu esineb erikoolides sageli nooremate õpilaste kiusamist.
Ka erikoolide enda töökorralduses on märkimisväärselt arenguruumi. Ühest küljest on erikoolid materiaalselt viletsas olukorras. Kaagvere ja Puiatu erikoolis peavad lapsed elama iganenud kasarmutüüpi ühiselamutes, kus vaba aja sisustamiseks napib vahendeid. Teisalt vajab tänapäevastamist ka kasvatustöö pool. Praegu sarnanevad erikoolid oma kõikehõlmava kontrolli poolest sisuliselt vanglaga, mis ei ole toetav keskkond lapse ümberkasvatamiseks ja annab parimal juhul üksnes lühiajalise efekti. Erikoolid ei soodusta laste enda initsiatiivi väljanäitamist ega julgusta neid iseseisvalt mõtlema.
Erikoolide süsteemi üheks olulisemaks kitsaskohaks on puudujäägid õpilase resotsialiseerimisel. Üheski erikoolis pole sotsiaaltöötajat, kes hoiaks sidet lapse kodu ja kooliga ning valmistaks teda lahkumiseks ette. Kohalike omavalitsuste sotsiaaltöötajad küll tegelevad erikoolist naasnud lastega, kuid selgete juhiste puudumisel on säärase hoolitsuse tase enamasti puudulik. Paljudel juhtudel jääb erikoolist lahkunud nooruk ilma ühiskonna toetusest.
Erikoolide tulemuslikumaks muutmiseks soovitas Riigikontroll luua juurde erineva suunitlusega erikoole, kus seataks selged eesmärgid õppe-kasvatustööle. Viimase eelduseks on lapse erikoolis viibimise sidumine tema tegeliku arenguga, aga ka tema kodukohas hälbivale käitumisele viinud tegurite kõrvaldamisega.
