Lisaks eelpool toodud märkusele nõrga eelarvestamise kohta tehti märkus ka majandustegevusest laekunud tulu kasutamise kohta. Nimelt maksti majandustegevusest laekunud tulust tulu teenimisega mitteseotud töötajatele lisatasudeks veidi üle 0,5 miljoni krooni, mis ei ole kooskõlas eelarvega, kus on personalikuludeks ette nähtud eraldi kuluread. Samuti toodi märkusena välja, et instituut oli riigihanke menetlust läbi viimata ostnud kaupu ja teenuseid 2,6 miljoni krooni eest. Riigihangete Ameti teatel alustatakse väärteomenetlust peale instituudi poolt antud selgituste kaalumist.
Kui märkused välja arvata, on Riigikontroll seisukohal, et ülejäänud osas on organisatsiooni 2003.aasta raamatupidamise aastaaruanne olulises osas kooskõlas rahandusministri määrusega "2003. a majandusaasta aruande koostamine, esitamine ja kinnitamine" ning ülejäänud majandustehingud õigusaktidega olulises osas kooskõlas.
